In 1962 is het 41e Bataljon Regiment Stoottroepen ingezet in Nieuw-Guinea. Op 4 mei vertrokken de stoters aan boord van de Waterman richting Hollandia. Het bataljon werd op Biak, in Kaimana en omgeving gelegerd. Het bataljon werd aangewezen om de troepen langs de 1000 km lange zuidkust te versterken. Vele patrouilles werden gelopen teneinende infiltratie door Indonesische eenheden tegen te gaan, hierbij geholpen door onmisbare Papoea gidsen. Indonesische militairen werden regelmatig het gebied in geparachuteerd of aan land gezet door kleine boten. Vele van deze infiltranten gaven zich over omdat ze vanwege de omstandigheden in de dichte jungle door uitputting niet meer inzetbaar waren. De soevereiniteitsoverdracht op 15 augustus, gevolgd door de wapenstiltand op 18 augustus, betekende het einde van de activiteiten in de omgeving van Kaimana.
In 1963 gingen de stoottroepen onder pantser, als 41 Pantserinfanterie bataljon, bij 11 Pantserinfanterie brigade (een voorloper van 11 Luchtmobiele Brigade). Dit bataljon was uitgerust met het AMX-PRI infanterie gevechtsvoertuig. Later is deze vervangen door de YPR-765. Het 41e Pantserinfanterie batalon was tot 1994 gelegerd in Ermelo op de Generaal Spoorkazerne. Na de val van de muur in 1989 werd het Nederlandse leger drastisch gereorganiseerd waarbij het metdienstplichtigen bemande 41e Bataljon werd opgeheven. Sindsdien bestaan de stoottroepen uitsluitend uit beroepsmilitairen.